Ca.11 v. Chr. siedelten die Römer sich an der Stelle von Bonn am Rhein an, das belegen archäologische Funde. Daher hat Bonn 1989 bereits seinen 2000. Geburtstag gefeiert.
Bald ließen sich nahe der heutigen Stadt einige Menschen, vor allem Handwerker und Händler nieder. Ab dem 7. Jahrhundert siedelten sich die Menschen in der heutigen Innenstadt an. Im 11. und 12. Jahrhundert kamen hohe Geistliche hinzu. Auch bildete sich mittlerweile eine Oberschicht,die Wert auf hochwertige Produkte legte. Dadurch wurde der Markt vergrößert und auch die Ansiedlung neuer Händler gefördert. 1244 begann man mit dem Bau einer Stadtmauer, womit die Stadt Bonn nun als Stadt anerkannt war.
1288 nach der Schlacht von Worringen, wohnten Kölner Kurfürsten bevorzugt in der Stadt. 1597 wurde aus Bonn eine Residenzstadt. Im Dreißigjährigen Krieg wurde Bonn immer wieder geplündert und gebrandschatzt. Ab 1620 wurde es von Holländern besetzt und 1631 kamen die Schweden. Auch in den darauf folgenden Jahren wurde die Stadt immer wieder besetzt. Am schlimmsten war jedoch die Besetzung durch die Franzosen 1689. Nach der Befreiung stand die Stadt vor einem Trümmerhaufen. Kaum etwas erholt, kam es 1703 zum spanischen Erbfolgekrieg, wobei die Stadt erneut unter Beschuss geriet. Erneut fielen französische Truppen ein und die kaiserlichen und holländische Truppen standen vor den Toren der Stadt. Noch im selben Jahr gaben die französischen Truppen die Belagerung auf.
Anfang des 18. Jahrhunderts erblühte die Stadt endlich unter neuer Pracht. Nun konnte die Baukunst wieder vorangetrieben werden. So entstand auch das Kurfürstliche Schloss. 1777 wurde die Bonner Akademie gegründet und 1786 zur Universität erhoben. Schnell wurde klar, dass diese Universität die Lehren der Aufklärung unterstützte. 1794 besetzten einmal mehr französische Truppen Bonn. 1801 wurden alle Gebiete links des Rheins an die Franzosen abgetreten, wozu auch die Stadt Bonn gehörte. Durch die französische Herrschaft verlor die Stadt ihren Status als Residenzstadt, da die Kurfürsten und viele Adlige Bonn verließen.
1815 fiel Bonn an Preußen, mit dem Beschluss im Wiener Kongress. So wurde aus Bonn eine Kreisstadt. 1818 erfolgte die Neugründung der Rheinischen Friedrich Wilhelms Universität.
In der Weimarer Republik war Bonn Zentrum der katholischen Deutschen Zentrumspartei. Dies hinderte die Nazis jedoch nicht daran, die Stadt 1933 zu übernehmen. Von Bombenangriffen während des 2. Weltkrieges blieb die Stadt weitgehend verschont, so dass nur etwa 30 Prozent der Stadt zerstört waren. Am 9. Mai 1945 wurde die Stadt den alliierten Truppen übergeben. So wurde Bonn Teil der britischen Besatzungszone und wurde dann Nordrhein-Westfalen zugeordnet.
1948 trat in Bonn erstmals der Parlamentarische Rat zusammen. Ein Jahr darauf wurde es zur Bundeshauptstadt. Im selben Jahr erklärte man die Stadt zur besatzungsfreien Zone. Von 1953 bis 1955 entstanden die ersten Bauten für Ministerien. Ab Mitte der 60er Jahren wurde damit fortgefahren. Auch die Infrastruktur wurde immer weiter ausgebaut, durch einen Straßenbahntunnel und den Bau mehrerer Autobahnen.
1970 gab es einen ersten Vertrag zum Ausbau der Stadt Bonn zur Bundeshauptstadt, der sich 1980 ein zweiter Vertrag anschloss. Am 3.Oktober 1990 gab es einen Einigungsvertrag in dem Bonn die Rolle der Bundeshauptstadt an Berlin abgab. Nach und nach wurden alle Ministerien nach Berlin verlegt.